1、石宝山自然保护区：石宝山自然保护区位于剑川县沙溪乡境内，1988年公布为大理州级自然保护区，面积约28平方公里，是森林风景型自然保护区。保护区主要保护对象除石钟圭、宝相寺、海云居等石窟、寺观和风景名胜资源外，还有古柏苍松、山茶、杜鹃、针阔叶林及水源林等植物资源。
    2、罗坪鸟吊山自然保护区：罗坪鸟吊山自然保护区位于洱源县凤羽乡罗坪山，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约9平方公里，是野生动物型自然保护区。罗坪山海拔3000米－3200米，属州滇横断山脉南端，是每年农历七八月北方候鸟迁徙的必经之路。保护区主要保护对象为迁徙候鸟及自然景观。
    3、茈碧湖自然保护区：茈碧湖自然保护区位于洱源县茈碧乡境内，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约8平方公里，是高原湖泊型自然保护区。茈碧湖是洱海主要的水源供给地，湖内盛产鱼虾及特有的茈碧花，湖周自然景观秀丽。保护区主要保护对象为茈碧莲、风景资源及水生生物。
    4、永国寺自然保护区：永国寺自然保护区位于永平县杉阳乡、曲硐乡交界地的博南山，1988被公布为大理州州级自然保护区，面积约6.7平方公里，是野生动物型自然保护区，保护区内有始自西汉的西南丝绸之路古道――博南古道遗迹、繁茂的植被、古茶树。保护区主要保护对象为为野茶树、野生动物、博南古道遗迹。
    5、巍宝山自然保护区：巍宝山自然保护区位于巍山县城南10公里处，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约20平方公里，是森林风景型自然保护区。巍宝册既是南诏发祥地，道教道场，也是水源涵养林区，鸟类资源丰富。保护区主要保护对象为风景资源、森林。
    6、凤凰山候鸟自然保护区：凤凰山候鸟自然保护区位于南涧县碧溪、公郞、拥翠三区的交界处，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约25平方公里，是野生动物型自然保护区。保护区内森林资源丰富，是候鸟迁徙的必经之地。保护区主要保护对象为迁徙候鸟及自然环境。
    7、土林自然保护区：土林自然保护区位于南涧县城附近，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约5平方公里，是地质地貌型自然保护区。土林属特殊的地貌景观，是由于水土流失，土壤冲刷而成林状，是研究地质、水文及水土流失原因的重要活标本，保护区主要保护对象为土林地质结构、地貌景观。
    8、雪山河水源涵养林自然保护区：雪山河水源涵养林自然保护区位于漾濞县雪山河上游，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约10平方公里，是水源涵养林型自然保护区。保护区主要保护对象为常绿阔叶林带及野生核桃林。
    9、朝霞寺自然保护区：朝霞寺自然保护区位于鹤庆县城西，包括朝霞寺、黄龙潭天然地下水资源，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约8平方公里，是风景水资源型自然保护区，保护区主要保护对象为地下水资源、景观。
    10、太极顶自然保护区：太极顶自然保护区位于弥城西南密祉乡境内，1988年被公布为大理州州级自然保护区，面积约26.7平方公里，是森林生态型自然保护区。保护区内多为常绿阔叶林、山间有野生植物二百余种，森林植被良，是弥渡主要的水源涵养地。保护区主要保护对象为针阔叶水源涵养林、水环境。
    11、大理蝴蝶泉自然保护点：大理蝴蝶泉自然保护点位于大理市喜洲镇桃源村，1988年被公布为大理州州级自然保护区。保护点下起公路，上到云弄峰，南至周城，北至上关村，面积约5平方公里，是野生动物型自然保护点。保护点主要保护对象为蝶蛾类极其繁衍的生态环境及自然资源。
    12、水目山自然保护区：水目山自然保护区位于祥云县祥城镇南10公里处水目山，1988年被公布为大理州州级自然保护区。水目山山间林木繁茂，古茶花树驰名，风景秀丽，明代地理学家徐霞客就曾到水目山考察。保护区主要保护对象为古山茶、森林植被、风景资源。
    13、大理凤阳鹭鸶栖息榕树自然保护点（含喜洲二完小榕树）：大理凤阳鹭鸶栖息榕树自然保护点（含喜洲二完小榕树）位于大理市喜洲凤阳村本主庙前榕树及喜洲二完小内榕树，1988年被公布为大理州州级自然保护点。此两处榕树为鹭鸶鸟的栖息环境。保护区主要保护对象即为鹭鸶、古榕树及自然环境。